福田口岸站位于國花路與福田保稅區(qū)一號通道交叉口西南側(cè)，沿福田保稅區(qū)一號通道東西向布置。車站為地下三層三跨島式站臺鋼筋混凝土箱形框架結構，共計出入口4個：E口、C口、D1口、D2口。

其中，C口接地鐵4號線福田口岸站；D2口接菩提路北側(cè)；D1口接桂花路北側(cè)；E口接菩提路銀泰苑小區(qū)。